對於多數人來說，依照建議適當使用紫錐花是非常安全的，但曾被報導的副作用包括：腸胃不適，發燒，噁心，舌頭麻木，頭暈，失眠，關節和肌肉疼痛，
嘔吐，腹瀉，喉嚨痛，口乾舌燥
安全注意事項（6點使用禁忌）
1. 曾對菊科植物（豚草、菊花、金盞花或雛菊）過敏，以及患有氣喘或過敏症的族群請小心，使用紫錐花可能誘發過敏反應，症狀從較輕的皮疹到全身性過敏反應都有可能
2. 以下症狀請勿使用（因相關安全性未知），如：肺結核、HIV帶原或愛滋病、糖尿病、結締組織疾病、多發性硬化症、白血病、（血癌）及任何自身免疫性疾病
3. 孕婦、哺乳媽媽、12歲以下兒童及肝腎功能不佳者勿用（因相關安全性未知）
4. 服用免疫抑制劑者勿用（因可能影響藥物效力）
5. 勿與含咖啡因飲品或相關製劑合併使用，因紫錐花(紫錐菊)可能減慢咖啡因代謝速度，提升與咖啡因過量有關的副作用，如顫抖（jitteriness）、頭痛、心跳加快
6. 勿與需經cytochrome p450酵素代謝的藥物併用，可能引響藥物效力或引發不良反應，常見藥物如洛伐他汀（lovastatin）、克拉黴素（clarithromycin）、環孢黴素（cyclosporine）、鈣離子拮抗劑（diltiazem）、雌激素茚地那韋（indinavir）、三唑侖（triazolam）、氯氮平（clozapine）、環苯紮林（cyclobenzaprine）、氟伏沙明（fluvoxamine）、氟呱啶醇（haloperidol）、抗抑鬱劑（imipramine）、抗心律失常藥物（mexiletine）、奧氮平（olanzapine）、鎮痛藥（pentazocine）、心得安（propranolol）、老年癡呆症藥物（tacrine）、茶鹼（theophylline）、佐米曲坦（zolmitriptan）．．．等
紫錐菊的最佳使用時機
紫錐花能在短時間內提升免疫力，增加人體抗病毒能力，因此不像一般保健食品需要長期服用，而是要在＂必要的情況下＂使用，而所謂必要的情況分為以下兩種
出現頭痛、鼻塞、流鼻水、喉嚨痛等感冒症狀時
身處可能感染的環境（例如公共場所或接觸到感冒患者）
因為所有的臨床報告都指出，紫錐花能在感冒初期發揮較大的復原效果，但如果拖太久，造成感染症狀非常嚴重，效果就不明顯了
紫錐花的建議劑量
一般來說，在感冒初期，每日需服用3次，每次劑量為：錠劑 300 mg、滴劑則為2到3毫升，一般感冒大約只需連續服用5至7天，若已連續服用超過2週，請最少停止一周再續服，才能達到最好的效果